As ágatas são encontradas como nódulos em rochas efusivas antigas, pobres em ácido cilício e secundariamente, em argilas e cascalhos. São formadas a partir da cristalização da sílica nas paredes das cavidades obstruídas das rochas eruptivas. Inicialmente há a formação de bolsas com vapor no interior das rochas eruptivas. As cavidades assim formadas vão sendo preenchidas por matéria silicosa que vai sendo depositada em camadas regulares, formando assim camadas sobrepostas de diferentes cores ou tonalidades. É provável que água contendo matéria silicosa se infiltre na rocha depositando sílica em camadas dentro das cavidades que surgiram devido aos vapores.
Ao ocorrer variações das condições de deposição e nas próprias características da solução podem ocorrer variações nas camadas, sendo por isso frequente que as camadas de calcedónia alternem com camadas de quartzo. O primeiro depósito na parede da cavidade é geralmente de uma substância verde escura. Esta primeira camada desta substância mineral é por vezes chamada de “iniciador” visto os minerais serem depositados em cima desta primeira camada. Muitas vezes acontece que a deposição da matéria mineral não é concluída, permanecendo uma cavidade. Muitas ágatas apresentam esta cavidade. Nestes casos é possível observar cristais de quartzo, dirigidos para o centro.
Há vários tipos de ágatas de acordo com as formas apresentadas das suas camadas. Quando a ágata apresenta camadas paralelas concêntricas é chamada ágata orbicular. No caso de as suas camadas serem irregulares, passam a ser chamadas de acordo com o que é sugerido pelas suas formas, como na ágata ruiniforme, ágata musgosa, etc.
O Brasil é o principal produtor mundial de ágata.
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